O ναός της Αγίας Σοφίας αποτελείται από τα εξής μέρη:
το αίθριο,τους δύο νάρθηκες και τον κυρίως ναό.
Το αίθριο είναι αυλή, ορθογώνια με κολόνες γύρω γύρω και με βρύση στο κέντρο(κρήνη) που έφερε την περίφημη επιγραφή "ΝΙΨΟΝ ΑΝΟΜΗΜΑΤΑ ΜΗ ΜΟΝΑΝ ΟΨΙΝ", που διαβαζόταν και αντίστροφα.
Σήμερα η επιγραφή δε σώζεται.
Ο ναός χωρίζεται σε τρία μέρη: τα κλίτη
Τέσσερις μεγάλοι πεσσοί(κολόνες) στηρίζουν τον τρούλο και συνδέονται μεταξύ τους με τόξα.
Το μήκος του ναού είναι 80,90 μ. το πλάτος 69,5 μ. και το ύψος 55,6 μ. Η διάμετρος του τρούλου είναι 33 μ. και το ύψος του 13,8 μ.
